Нет сомнения, что истинные начала стрелецкого мятежа Петр понял уже впоследствии. В первое же время он не мог его приписывать ничему иному, кроме злобы и властолюбия своей сестры. Враждебного чувства к ней не мог победить он и впоследствии, когда при открытии третьего стрелецкого бунта он настойчиво доискивался ее соучастия в этом деле. Ужасная строгость, выказанная им в то время в отношении к виновным стрельцам, также была не чужда, конечно, между прочим, и кровавых воспоминаний детских годов. Но если даже Петр и до конца жизни не избавился от мысли, что единственно София была виновницей бунта, все же происшествия этого времени должны были открыть ему многое относительно внутреннего управления древней Руси. Одна стрелецкая челобитная, по простоте своей понятная малому ребенку и тем не менее заключающая в себе факты, возмутительные для человека даже очень бывалого, – одна эта челобитная многому могла научить Петра и не могла не подействовать на его деятельную, страстную натуру. Хоть смутно, хоть бессознательно, но уже с этого времени он должен был почувствовать, что начала управления древней Руси оказываются вовсе несостоятельными в деле народного благоденствия. Дальнейший ход событий должен был все более и более убеждать его в этом.
Чтобы убедиться в том, как ничтожны все частные усилия пробудить волнение, которого нет в массе, Петру стоило привести себе на мысль всю историю падения Софии. Тут уже замыслы царевны на погибель брата и на возмущение стрельцов несомненны. Она находилась при этом в самом лучшем положении, какое только возможно; Петр же в самом неблагоприятном. Она была уже несколько лет правительницею государства; важнейшие государственные сановники – Голицын, Шакловитый, сам патриарх (до последнего времени) – были к ней в отношениях весьма дружественных; стрельцы были ей преданны, как всегда; в руках ее были награды, почести, деньги и вместе с тем пытки и казни. С другой стороны, Петр уже начал досажать многим своими потешными, и, по милости слухов, распущенных сестрою, многие полагали, что его действительно «с ума споили» (Устрялов, том II, стр. 53). Хитрости и обманы употреблялись царевною и ее клевретами такие, каких и подобия не было при первом стрелецком бунте. Целых два года систематически действовал на стрельцов Шакловитый, распуская ужасные вести про Нарышкиных и про опасность, которая грозит стрельцам. Мало того, не ограничиваясь словами, употребили в дело другое орудие для озлобления стрельцов против рода Нарышкиных. Подьячий Шошин, один из самых близких поверенных Софии, нарядившись в белый атласный кафтан и боярскую шапку, под именем боярина Льва Кирилловича Нарышкина в июле 1688 года ездил по ночам по Земляному городу, с несколькими сообщниками, также переряженными, и до полусмерти бил обухами и кистенями караульных стрельцов при Мясницких и Покровских воротах. При этом он приговаривал: «Заплачу я вам за смерть братьев моих! Не то еще вам будет!» – а сообщники его говорили: «Полно бить, Лев Кириллович; и так уже умрет». На другой день избитые стрельцы приходили в Стрелецкий приказ жаловаться. Шакловитый сам осматривал их раны и, с видом сострадания к стрельцам, повторял свою любимую поговорку о Нарышкиных: «Будут и вас таскать за ноги» (Устрялов, том II, стр. 43).
Но и это, столь энергическое, средство не помогло Софии поднять стрельцов. Она прибегла к другим мотивам. Некоторые из сообщников ее старались заманить стрельцов надеждою грабежа и богатой поживы. Так, один из них, Гладкий, открыто говорил: «Ныне терпите да ешьте в долг; будет ярмарка, станем боярские домы и торговых людей лавки грабить и сносить в дуваны. А на Рязанском подворье, я знаю, у боярина Бутурлина есть 60 чепей гремячих серебряных; мы их разделим между собою, а остальное отдадим на церковные главы». И это осталось без действия. София хотела найти поддержку в расколе; ее сообщники говорили против патриарха, хотели возвести на патриарший престол Сильвестра Медведева, уверяя, что «ныне-де завелись в церкви новые учители», но решительно никакие ухищрения не помогали. Царевна решилась действовать прямее и уже сама лично, призывая стрельцов, говорила им: «Долго ль нам терпеть? Уж житья нашего не стало от Бориса Голицына да от Льва Нарышкина. Царя Петра они с ума споили; брата Иоанна ставят ни во что, комнату его дровами закидали; меня называют девкою, как будто я и не дочь царя Алексея Михайловича; князю Василью Васильевичу (Голицыну) хотят голову отрубить, – а он добра много сделал: польский мир учинил; с Дону выдачи беглых не было, а его промыслом и с Дону выдают. Радела я всячине, а они всё из рук тащат. Мочно ль на вас надеяться? Надобны ль мы вам? А буде не надобны, мы пойдем себе с братом где кельи искать». Такие искусные речи заключались всегда подачкою стрельцам нередко по 25 рублей на человека. Стрельцы отвечали обыкновенно, что они готовы служить своей государыне: что она повелит, то и сделают. Но когда раз предложили им перебить Петровых приверженцев, то они ответили: «Буде до кого какое дело есть, пусть думный дьяк скажет царский указ, того возьмем; а без указу делать не станем, хоть многажды бей в набат». Наконец, когда уже дело подходило к концу, София объявила, что головы отрубит тем, кто задумает бежать к Троице, и потом, призвав стрельцов, говорила: «Обещаю вам новые милости и награды, если докажете свою верность и не станете мешаться в мои дела. Но горе непослушным и мятежникам! Вы можете бежать к Троице (где был Петр): но помните, что здесь останутся ваши жены и дети» (Устрялов, том II, стр. 71). И, несмотря на все это, София была оставлена, все побежали к Троице, все спешили изъявить Петру свою покорность. От чего зависело такое неимоверное различие в настроении умов и в направлении деятельности у стрельцов в эти недолгие промежутки времени, мы не беремся здесь решить. Но как бы то ни было, сличение этих двух годов – 1682 и 1689 – ясно показывает, что первый бунт стрелецкий был только направлен Софиею, а не произведен ею. Да и вообще не может один – или даже и несколько человек – произвести в массах волнение, к которому они не приготовлены, которое не бродит уже в умах их вследствие фактов прошедшей жизни.